Thời gian qua, mặc dù cơ quan chức năng của tỉnh đã đưa ra nhiều giải pháp bảo vệ nguồn nước hồ Núi Cốc, nhằm phục vụ nhu cầu cấp nước sinh hoạt và sản xuất của người dân, doanh nghiệp. Tuy nhiên, hoạt động xả thải trong sản xuất, sinh hoạt ở khu vực đầu nguồn chưa được xử lý triệt để nên tiềm ẩn nhiều nguy cơ ngây ô nhiễm môi trường nguồn nước tại đây.