Hệ thống sông, kênh rạch chằng chịt với nhiều mỏ, bãi khai thác vật liệu xây dựng nên dọc các tuyến sông Đồng Nai có nhiều bến thủy nội địa hoạt động. Trong đó, chỉ một đoạn ngắn qua địa bàn TP.Biên Hòa, các bến thủy nội địa 'mọc' lên ngày càng nhiều và hoạt động nhộn nhịp. Điều đáng nói, bên cạnh những bến được quy hoạch, quản lý chặt chẽ thì có không ít bến bãi hoạt động không phép, bất chấp các quy định của pháp luật.