Trước thực tế một số trạm dừng nghỉ trên cao tốc Bắc - Nam phía Đông chậm tiến độ, Bộ Xây dựng đề xuất đầu tư trước các hạng mục thiết yếu, tạo điều kiện khai thác đồng bộ tuyến đường và triển khai thu phí theo quy định.
Nhiều nhóm phương tiện được đề xuất miễn phí cao tốc, trong đó có xe chở hài cốt liệt sĩ, xe chở hàng cứu trợ đến vùng bị thiên tai… Tuy nhiên, nhiều ý kiến cho rằng, cần có cơ chế kiểm soát đủ chặt chẽ để không bị lợi dụng.