Thay vì tuân thủ Chỉ thị 13/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ, nhiều gói thầu kiểm toán do Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam làm chủ đầu tư trong thời gian qua lại áp dụng hình thức chỉ định thầu mà không áp dụng các hình thức đấu thầu rộng rãi để lựa chọn nhà thầu theo luật định.