Hiện tại, trên địa bàn tỉnh Nghệ An chưa đến 50% các cụm công nghiệp (CNN) có hệ thống xử lý nước thải tập trung, hoặc có hệ thống xử lý nhưng không đạt quy chuẩn cho phép. Việc thiếu hệ thống nước thải đồng bộ đã khiến cho vấn đề ô nhiễm ở các CCN trở nên nhức nhối.
Mặc dù toàn tỉnh có đến 23 cụm công nghiệp (CCN) đang hoạt động, thế nhưng hiện chỉ mới có 10 CCN có hệ thống xử lý nước thải. Việc thiếu hệ thống xử lý nước thải khiến cho nguy cơ ô nhiễm tại các CCN trở thành vấn đề nhức nhối của các địa phương.