Để được chứng nhận hữu cơ, doanh nghiệp phải chuẩn bị hồ sơ, chứng minh điều kiện sản xuất và trải qua quá trình chuyển đổi và được đánh giá toàn bộ hệ thống sản xuất theo tiêu chuẩn áp dụng. Việc hiểu rõ từng bước sẽ giúp cơ sở sản xuất chủ động về thời gian, chi phí và kế hoạch khắc phục những điểm chưa phù hợp.