Sau ngày miền Nam giải phóng năm 1975, PGS-TS Mạc Đường được điều động vào Sài Gòn (nay là TPHCM), tham gia tiếp quản, xây dựng và phát triển các cơ sở nghiên cứu khoa học xã hội. Hơn hai thập niên công tác, ông đã có nhiều đóng góp quan trọng trong nghiên cứu dân tộc học, đào tạo đội ngũ và xây dựng Viện Khoa học xã hội tại TPHCM (sau đổi tên thành Viện Khoa học xã hội vùng Nam bộ).