Phù Yên có 8 xã vùng hồ thủy điện Hòa Bình, với trên 3.000 ha mặt nước, nên giao thông đường thủy có vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế và giúp người dân đi lại, vận chuyển hàng hóa. Việc bảo đảm an toàn giao thông đường thủy luôn được lực lượng chức năng và chính quyền địa phương quan tâm thực hiện, hạn chế thấp nhất tai nạn có thể xảy ra.