Cùng với việc bổ sung công trình, Hà Nội đang từng bước chuyển sang cách vận hành liên thông theo lưu vực và chủ động hơn, từ hạ mực nước đệm, tổ chức ứng trực tại từng điểm, đến phối hợp vận hành đồng bộ hệ thống thủy lợi và thoát nước đô thị, giữa địa phương và các khu đô thị. Mục tiêu hướng đến là giảm thiểu tối đa và nhanh nhất tình trạng úng ngập trên toàn hệ thống.