Với thế mạnh về nghiên cứu khoa học, đặc biệt là lĩnh vực thủy sản, Trường Đại học Nha Trang hướng đến trở thành trung tâm nghiên cứu khoa học, ứng dụng và chuyển giao công nghệ, phục vụ sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội của khu vực Trung Bộ và cả nước. Đồng thời, nâng cao tiềm lực nghiên cứu khoa học đạt trình độ khu vực và thế giới.