Các tỉnh ĐBSCL hiện đang dẫn đầu cả nước về mã số vùng trồng (MSVT) với 25 sản phẩm cây ăn trái xuất khẩu, đồng thời cũng dẫn đầu về cơ sở đóng gói được cấp mã số. Tuy nhiên, nhiều thách thức đang đặt ra cho quá trình duy trì hoạt động để đáp ứng yêu cầu của các nước nhập khẩu.