Tuy là huyện vùng cao biên giới nhưng Phong Thổ lại được thiên nhiên ưu ái ban tặng nhiều nguồn nước mát lạnh. Đây là tiềm năng để huyện khai thác phát triển, nuôi trồng thủy sản, nhất là nuôi cá nước lạnh phục vụ nhu cầu thị trường.