Ban Thư ký Quốc hội được thành lập với chức năng chủ yếu là tham mưu, giúp việc cho Tổng Thư ký Quốc hội về mảng công việc liên quan đến quy trình, thủ tục, xây dựng dự thảo văn bản và các công việc khác phục vụ trực tiếp hoạt động ra quyết định của Quốc hội. Tuy nhiên, tại Hội thảo khoa học 'Một số vấn đề về tổ chức và hoạt động của bộ máy tham mưu, giúp việc của Quốc hội trong tình hình hiện nay', một số ý kiến cho rằng, quy định về cơ cấu, tổ chức của Ban Thư ký hiện nay đã bộc lộ những bất cập cần sớm được sửa đổi để nâng cao hơn nữa hiệu quả tham mưu cho Tổng Thư ký Quốc hội và Quốc hội.