Bên cạnh những mặt thuận lợi, các HTX nông nghiệp kiểu mới cũng đang phải đối mặt với nhiều khó khăn, vướng mắc cần được tháo gỡ kịp thời, hiệu quả.
Nhờ tích cực thi đua đổi mới, sáng tạo, có phương án hoạt động hiệu quả nên HTX Dịch vụ nông nghiệp (DVNN) Thiệu Hưng, thị trấn Thiệu Hóa (Thiệu Hóa) luôn duy trì hoạt động sản xuất, đạt hiệu quả cao; đa dạng hóa các hình thức sản xuất, kinh doanh; làm tốt vai trò 'bà đỡ' cho người dân tại địa phương trong việc liên kết, tiêu thụ sản phẩm nông sản…