Theo khảo sát, đánh giá của các nhà khoa học thuộc Hội Bảo vệ Thiên nhiên và Môi trường Việt Nam (VACNE), những nguồn gây ô nhiễm nguồn nước chủ yếu hiện nay là: nước thải sinh hoạt đô thị và nông thôn; nước thải từ các khu công nghiệp, khu kinh tế và cụm công nghiệp; nước thải bệnh viện; nước thải từ các trang trại chăn nuôi gia súc; nước thải từ các khu chôn lấp chất thải rắn đô thị.
Cả nước có trên 2.900 hồ chứa nước thủy điện, thủy lợi đã vận hành, đang xây dựng hoặc đã có quy hoạch với dung tích trên 65 tỷ m3. Ngoài ra còn phải kể đến các sông, mương, rạch, ao, hồ trong phạm vi đô thị và khu dân cư, song hầu hết đang bị lấn chiếm và nguy cơ ô nhiễm nặng.
Hoạt động hơn 10 năm, Cụm công nghiệp vừa và nhỏ huyện Đông Anh mới có trạm xử lý nước thải tập trung.