Quần đảo Trường Sa khí hậu nhiệt đới gió mùa. Chế độ nhật triều, một lần nước lên một lần nước xuống. Các đảo ngự trên nền đá san hô ngập nước. Đất hình thành do mùn xốp, phân chim..., đảo không có nước ngọt... Địa lý, khí hậu Trường Sa làm nên hệ sinh vật rất khác biệt, cộng với biển, rạn san hô, thềm lục địa... làm cho thiên nhiên Trường Sa rất đa dạng, kỳ thú.