Đầu năm học 2015-2016, nhận thấy những bất cập của mô hình trường học mới, hơn 460 phụ huynh Hà Tĩnh đã ký đơn gửi lên cấp trên xin dừng hẳn mô hình VNEN.
Trong quá trình tổ chức lớp học theo Mô hình VNEN, việc thành lập Hội đồng tự quản HS và giúp mỗi thành viên trong Hội đồng tự quản hiểu được nhiệm vụ của mình là hoạt động thu hút được nhiều HS tham gia và sôi nổi nhất trong các lớp.
'Để lớp có một bộ máy hoạt động hiệu quả khi tham gia các hoạt động học tập, giúp học sinh làm tốt công tác tự quản khi học và có trách nhiệm về từng mảng việc xuyên suốt trong quá trình học tập mỗi lớp phải bàn với học sinh để tiến hành bầu ra một hội đồng tự quản'.