Thời gian qua, 63 tỉnh, thành phố đã thành lập Trung tâm Kiểm soát bệnh tật trên cơ sở sáp nhập các trung tâm thuộc lĩnh vực y tế dự phòng tuyến tỉnh. Hệ thống y tế cơ sở quận, huyện, phường, xã cũng được kiện toàn, sắp xếp theo hướng tinh gọn. Tuy nhiên, sự sắp xếp này cũng làm phát sinh những tồn tại, bất cập trong hệ thống y tế cơ sở, y tế dự phòng do nguồn nhân lực thiếu, chất lượng chưa bảo đảm, chính sách cho đội ngũ y, bác sĩ chưa tương xứng với nhiệm vụ.