Trong bão lụt, nước ngập tràn, cuốn theo mọi thứ gây ô nhiễm có trên mặt đất như: chất thải từ cống rãnh, nhà tiêu, xác động vật... làm nước và môi trường bị ô nhiễm. Vì vậy, ngay khi nước rút, người dân cần thực hiện các biện pháp xử lý nước và môi truờng để tránh ô nhiễm ảnh hưởng đến sức khỏe.
Trong mùa bão lụt, nước mưa là nguồn nước quan trọng, cần được thu gom và sử dụng. Nước dùng trong ăn uống cần phải được xử lý để đảm bảo vệ sinh.