Xung quanh khuôn viên chất đầy rác thải và vật liệu, bên trong bầy nhiều hiện vật khó hiểu, khách tham quan tưởng nơi trưng hiện vật là chỗ ngồi nghỉ... là ba trong nhiều vấn đề bất cập ở Bảo tàng Hà Nội.