Thanh tra và Cục Thuế 'cãi' nhau về… thuế

Sau khi Thanh tra tỉnh Quảng Nam ban hành kết luận về đấu thầu mua thuốc, mua sắm vật tư, trang thiết bị y tế từ năm 2013-2017 tại Sở Y tế tỉnh Quảng Nam và các đơn vị trực thuộc..., các doanh nghiệp (DN) phản ứng vì bị truy thu thuế vãng lai mà họ cho rằng không đúng luật.

Kết luận của thanh tra khiến DN thiệt hại

Cụ thể, kết luận Thanh tra tỉnh Quảng Nam chỉ ra sai phạm và kiến nghị thu hồi số tiền hơn 10 tỉ đồng do truy thu thuế VAT vãng lai đối với các đơn vị bán thuốc, vật tư tiêu hao, hóa chất, sinh phẩm y tế và trang thiết bị y tế. Thanh tra yêu cầu giám đốc Sở Y tế tỉnh này phải đôn đốc các đơn vị sai phạm nộp vào tài khoản tạm giữ của thanh tra tỉnh tại kho bạc nhà nước.

Sau khi kết luận được ban hành rất nhiều công ty có trụ sở ngoại tỉnh bức xúc vì cho rằng họ đã nộp thuế VAT tại tỉnh, thành đăng ký trụ sở kinh doanh nên không có nghĩa vụ phải nộp thuế VAT vãng lai như kết luận thanh tra.

Đơn cử, Công ty CP Xuất nhập khẩu y tế TP.HCM (gọi tắt là Yteco) gửi kiến nghị đến Thanh tra tỉnh Quảng Nam và Cục Thuế tỉnh Quảng Nam yêu cầu làm rõ khúc mắc trên. Theo đó, Công ty Yteco có tham gia đấu thầu thuốc, vật tư y tế... tại Sở Y tế tỉnh Quảng Nam và các đơn vị trực thuộc. Căn cứ kết quả trúng thầu và hợp đồng thì hàng hóa do Yteco cung cấp được chuyển trực tiếp từ kho của công ty này tại TP.HCM vào kho dược của các bệnh viện tại Quảng Nam. Hiện tại công ty này đã hoàn thành nghĩa vụ kê khai và nộp các khoản thuế tại Cục Thuế TP.HCM.

Công ty Yteco cho rằng theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế tại Văn bản số 3193 thì hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. “Công ty Yteco thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) tại TP.HCM, không phải thực hiện kê khai bán hàng vãng lai đối với các doanh thu từ hợp đồng bán hàng nêu trên tại tỉnh Quảng Nam”, công ty này lập luận và cho biết đã gửi đơn kiến nghị đến Cục Thuế tỉnh Quảng Nam.

Thanh tra tỉnh Quảng Nam yêu cầu truy thu thuế vãng lai của DN sau khi thanh tra tại Sở Y tế tỉnh này. Ảnh: THANH NHẬT

Cục Thuế nói không thu thuế vãng lai

Trả lời văn bản của Yteco, ông Lương Đình Đường (Phó Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Quảng Nam) cũng cho rằng trường hợp của Yteco không thuộc hoạt động bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Do đó, khi bán hàng, công ty lập hóa đơn GTGT, kê khai và nộp thuế GTGT tại cơ quan thuế quản lý trực thuộc theo quy định.

Theo ông Đường, căn cứ các quy định, thông tư của Bộ Tài chính thì khi bán hàng Công ty Yteco lập hóa đơn GTGT, kê khai và nộp thuế GTGT tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định.

Ông Đường dẫn chứng ví dụ số 16 nêu trong Thông tư 156/2013 của Bộ Tài chính nêu: “Công ty A trụ sở tại Hải Phòng ký hợp đồng cung cấp xi măng cho Công ty B có trụ sở tại Hà Nội. Theo hợp đồng, hàng hóa sẽ được Công ty A giao tại công trình mà Công ty B đang xây dựng tại Hà Nội. Hoạt động bán hàng này không được gọi là bán hàng vãng lai ngoại tỉnh. Công ty A thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hải Phòng, không phải thực hiện kê khai thuế GTGT tại Hà Nội đối với doanh thu từ hợp đồng bán hàng cho Công ty B”.

Thanh tra tỉnh giữ nguyên quan điểm

Tuy nhiên, Thanh tra tỉnh Quảng Nam vẫn giữ nguyên quan điểm, yêu cầu Yteco và các DN khác phải nộp thuế VAT vãng lai như kết luận thanh tra đã nêu. Đồng thời, thanh tra đề nghị Sở Y tế tỉnh này kiên quyết không cho tham gia dự thầu đối với các nhà thầu không thực hiện nghiêm kết luận thanh tra.

Trao đổi với Pháp Luật TP.HCM, ông Trần Minh Thái (Chánh Thanh tra tỉnh Quảng Nam) cho biết sau khi nhận báo cáo giải trình của các đơn vị nộp thuế, cơ quan đã có kết luận. Đồng thời, thanh tra đã báo cáo UBND tỉnh Quảng Nam về việc rà soát, xử lý các kiến nghị thu thuế vãng lai của các DN.

Theo ông Thái, các DN cung ứng thuốc, vật tư, trang thiết bị y tế trong trường hợp này là bán hàng từ kho của công ty đến kho của các đơn vị sự nghiệp nhà nước. “Ngân sách nhà nước tỉnh Quảng Nam chi ra mua để phục vụ khám chữa bệnh cho nhân dân trên địa bàn tỉnh không vì mục đích lợi nhuận, không phải từ kho công ty này đến kho công ty khác để kinh doanh nên không thể áp dụng ví dụ số 16, Thông tư 156/2013 của Bộ Tài chính. Do đó, trong trường hợp này các công ty phải nộp thuế VAT vãng lai” - ông Thái nói.

“Cần phải linh hoạt trong việc áp dụng ví dụ số 16, Thông tư 156/2013 của Bộ Tài chính. Đây là hợp đồng giữa DN với đơn vị sự nghiệp công lập, không phải hợp đồng giữa DN với DN. Quan điểm của thanh tra tỉnh trong trường hợp này không thuộc ví dụ đó” - ông Thái nói thêm.

THANH NHẬT