Quá trình thực hiện hợp đồng, sau mỗi lần được Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế tạm ứng, thanh toán, các nhà thầu thực hiện gói thầu xây dựng Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2 đã chi cho bị can Nguyễn Chiến Thắng, cựu Giám đốc Ban Y tế trọng điểm Bộ Y tế số tiền tương ứng với 5% giá trị tạm ứng, thanh toán trước thuế, tổng cộng 36,435 tỷ đồng.
CQĐT cho rằng, cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến cùng đồng phạm đã gây thất thoát, lãng phí tài sản nhà nước với số tiền hơn 803 tỷ đồng, đến nay cựu Bộ trưởng mới khắc phục hậu quả được 14,5 tỷ đồng