Dù đang hoạt động bình thường, nhưng để được cấp đăng ký hợp tác xã và mã số thuế, một số hợp tác xã lại được cơ quan chức năng hướng dẫn phải giải thể. Vòng luẩn quẩn này đang gây khó cho nhiều hợp tác xã trên địa bàn thành phố Hà Nội.