Tokyo thường bị nhầm lẫn là thủ đô của Nhật Bản. Tuy nhiên đây chỉ là thủ đô tạm thời, nước này thực tế không có thủ đô chính thức. Tại Nhật, thủ đô chính là nơi ở của Thiên Hoàng. Từ năm 794-1868, nơi ở của Thiên Hoàng đặt tại Kyoto.