Sau mưa lũ, môi trường và nguồn nước bị ô nhiễm là nguyên nhân phát sinh nhiều dịch bệnh như đau mắt đỏ, viêm đường hô hấp, nấm kẽ chân, cúm, sốt xuất huyết, đặc biệt là các bệnh lây truyền qua đường tiêu hóa như tiêu chảy, tả, lỵ, thương hàn... Do vậy, ngành Y tế đã kịp thời hỗ trợ phương tiện, nhân lực phòng chống dịch bệnh.
Trong và sau mưa bão, lũ lụt, có rất nhiều vi sinh vật, bụi, rác, chất thải... theo dòng nước tràn ra nhiều nơi, gây ô nhiễm môi trường và tiềm ẩn nhiều nguy cơ dịch bệnh. Ngành y tế các địa phương tỏa xuống địa bàn, chống dịch cùng nhân dân.