Với quy mô lớn, tính chất kỹ thuật phức tạp, Bộ Giao thông vận tải yêu cầu các đơn vị nghiên cứu kỹ lưỡng, đánh giá đầy đủ các yếu tố dự án đường sắt TP.HCM - Cần Thơ, từ sự cần thiết, dự báo nhu cầu vận tải, tổng mức đầu tư đến bài toán tổng thể quy hoạch...